2009年，国土资源系统认真研究和查找行政管理中存在的容易滋生腐败的薄弱环节，深入推进行政审批制度、财政管理制度和干部人事制度改革，加强各项管理制度建设，从源头上预防和治理腐败工作取得新的成效。
各地以落实部党组关于惩治和预防腐败体系建设2008~2012年工作规划实施意见为重点，深化改革，加强制度建设，深入推进治本抓源头工作。上海市国土资源和房屋管理局建立“管理、审理、监测”三分离和格式化审批的制度，实行业务部门制定规则，行政事务办理中心既受又理，监测指挥中心在线全程监测的工作机制。建立全市统一的土地交易平台，实行统一计划管理、统一信息发布、统一交易规则、统一运作监管，营造公开、公平、公正的土地交易环境，从制度层面将反腐倡廉关口前移，从事后处理变成事前预防、事中监测，减少了自由裁量权，为党风廉政建设打牢了基础，提供了保障。
天津市国土资源和房屋管理局、长沙市国土资源局研究开发了国有建设用地使用权网上交易系统，国有建设用地使用权远程报价系统与区县分中心同时投入运行，实现了“一处挂牌、全市竞价”。辽宁省国土资源厅取消了对地勘单位实行的划拨探矿权制度，加强矿业权一级、二级市场建设，进一步规范矿业权有偿出让管理程序和矿业权交易行为。山西省国土资源厅在开展煤焦领域专项斗争中，高效优质地完成了整合方案审查和换证工作，企业主体由2200家减至130家，为全省煤矿企业兼并重组整合作了重要贡献。浙江省国土资源厅修改完善27项土地和矿业权管理制度，推进决策机制、审批制度、资源使用三项改革，加大从源头上预防腐败的力度。
着力推进审批制度改革，国土资源部机关进一步简化土地审批手续，申报要件从以往的35件减少为10件，审批周期从原来的半年压缩至两个月。
国土资源系统继续推进土地有偿使用制度改革，落实工业用地出让制度，深化国有建设用地有偿使用制度改革。据统计，全国土地招标拍卖挂牌出让面积从2001年的9.9万亩提高到2009年的267.15万亩，占经营性土地出让总面积的比例从7.3%提高到85.3%；招标拍卖挂牌出让价款从2001年的492亿元提高到2009年的1.5099亿元，占出让土地总价款的比例从38.0%提高到94.9%。
改革探矿权采矿权审批制度，建立探矿权采矿权出让省部协调联动机制，进一步规范矿业权审批行为。配合有关部门深化矿产资源税费改革，完善矿产资源有偿使用和矿业权有偿取得制度。会同监察部开展了矿业权招标拍卖挂牌出让制度执行情况专项清理。近三年来，全国共查处无证勘查开采近14万起，关闭非法开采和破坏环境的矿山4.8万起。完成了对4438个矿区的整合，减少了2.2万个探矿权、采矿权，全国矿山数量比整合前减少了17.6%。
