为了贯彻落实国家关于西部大开发的政策，国土资源部10年来在西部地区相继组织开展了一系列的水文地质调查工作，为解决我国西部地区干旱缺水、城乡居民饮水安全、能源基地供水、生态环境整治提供了重要依据，为西部地区国家重大工程建设前期准备和运行安全作出了重要贡献。
——在西北严重缺水地区开展地下水勘查与供水安全示范工程。1999年到2002年，组织开展了陕西、内蒙古、山西、甘肃、宁夏、青海、新疆等12个省（区）严重缺水地区的地下水勘查与供水安全示范工作，利用3年时间，共施工探采结合深井340多眼，解决了300多万人的缺水问题。特别是利用遥感、物探新技术新方法在宁夏南部、甘肃宁会等找水禁区实现了找水突破。
——在西南岩溶石山地区云南、贵州、广西、湖南、湖北、四川、广东、重庆八省（区、市）开展78万平方公里的地下水与生态环境地质调查评价，查明3066条地下暗河的分布，并提出岩溶地下水资源的年开发潜力。为了进一步开发西南岩溶石山地区的地下水资源，从2003年开始，国土资源部又组织开展了《西南重点岩溶流域地下水与环境地质调查》项目，在查明重点岩溶流域水文地质条件的基础上，开展岩溶地下水开发和石漠化治理示范工作。目前，该项目已成功开发岩溶地下水80多条，岩溶的大泉100余处，蓄水构造200个。
——在西藏“一江两河”地区开展地下水勘查工作。从2000年开始，组织开展了西藏的雅鲁藏布江、拉萨河、年楚河、尼洋河干旱地区以县域为单元的地下水勘查工作，目前共完成了18个县的地下水调查与水资源评价工作，并施工了探采结合井，解决了部分严重缺水地区藏族群众的用水问题。
——建立部省合作新机制，开展了四川红层地区和大骨节病区地下水勘查与供水安全示范工作。2004年5月，国土资源部与四川省人民政府签署《四川省红层丘陵区地下水调查与开发利用项目》。双方共同投资，精心组织，共施工红层浅井170余万眼，解决了600多万人的缺水问题。2008年11月，国土资源部与四川省人民政府再次签署部省合作协议，共同开展“四川大骨节地下水调查与供水安全示范工程”，计划到2011年，施工探采结合井600余眼，解决15万群众的饮水安全问题。
——在国家重要的能源基地鄂尔多斯盆地进行地下水勘查，查明了该区域地下水资源总量，为国家大型能源基地圈定了富水地段。从2005年开始，组织开展了鄂尔多斯盆地的陕北、内蒙古能源基地地下水勘查，为国家能源基地规划建设提供了地下水资源保障。
